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2024-05-07 12:40 浏览:2

新颖的计算方法揭示了以前无法进入的药物口袋

Decrypting integrins by mixed-solvent molecular dynamics simulation

来自阿姆斯特丹大学和苏黎世大学的一组研究人员与瑞士Allocyte制药公司合作,首次能够在一种称为整合素的细胞表面受体中发现变构位点。

在最近发表在《化学信息与建模》杂志上的一篇论文中,他们描述了这种方法如何揭示了以前无法获得的可药物整合素口袋。这项研究的核心是一种新的混合溶剂分子动力学模拟计算方法,由阿姆斯特丹大学Van 't Hoff分子科学研究所计算化学小组的Ioana Ilie博士开发。

整合素是一类具有跨膜双向传递信号能力的细胞表面粘附受体。它们以其治疗多种疾病的潜力而闻名。然而,整合素靶向药物的发展一直受到意想不到的下游效应的影响。特别是,针对整合素的天然结合位点的药物可以观察到这些。

所谓的整联素的变构调节是一种有希望克服这些限制的方法。在这里,药物结合在受体的其他地方,改变构象,从而影响蛋白质的活性。因此,受体的变构调节为药物发现和开发创造了机会,这可能优于经典的正构调节。

新颖的毒品口袋

Ioana Ilie开发的新计算方法依赖于用小有机分子(小浓度的苯)丰富溶剂,以实现整合素α I结构域的温和打开。这揭示了整合素LFA-1、VLA-1和Mac-1中新的以前无法获得的可药物口袋。因此,本研究为溶剂条件的微小变化对新型潜在药物口袋的可及性的影响提供了结构和动态的见解,这是通过虚拟筛选验证的。该研究可作为概念验证,并为设计下一代整合素靶向药物奠定基础。此外,它还为鉴定其他最新的不可药物蛋白靶点的变构位点开辟了新的研究途径。

最后,这项研究超越了药物发现,因为它证明了溶剂条件的微小变化可以对溶剂化分子的构象空间产生巨大影响。这提供了调整溶剂条件的机会,以获得溶剂化分子(例如,蛋白质,材料)的特定响应,这可以暗中帮助开发具有响应特性的新型生物启发材料。